Các yếu tố ảnh hưởng đến vi sinh trong xử lý nước thải vô cùng quan trọng. Nó quyết định sự phát triển, hiệu quả xử lý của vi sinh đối với hệ thống và công tác chuẩn bị trong quá trình nuôi cấy.

Lượng oxi hòa tan 

Các vi khuẩn cần oxy đến biến các dưỡng chất hữu cơ và tăng trưởng.

Mỗi vi khuẩn cần khoảng 0.1 – 0.3 mg DO/L để hoạt động. Vì vậy cần duy trì nồng độ DO trong bể khoảng 2mg/L để cho các vi khuẩn trong bông cặn có đủ DO để hoạt động.

Nếu nồng độ DO<2md/L các vi khuẩn nằm trong bông cặn sẽ sử dụng hết oxy làm cho các vi khuẩn ở giữa không còn DO để hoạt động và chết đi làm cho bông cặn bị tan rã.

Việc sục khí trong bể bùn hoạt tình nhằm 2 mục tiêu:

Cung cấp oxy cho VSV hiếu khí.

Giữ cho các bông cặn được khuấy trộn ở mức thích hợp giúp cho nó tiếp xúc tốt với nước thải đầu vào.

pH của nước thải

Các enzyme điều khiển các phản ứng sinh hóa rất phụ thuộc vào pH, do đó nên duy trì pH của bể bùn hoạt tính trong khoảng 6,5 – 5,5.

Nếu pH<6 sẽ tạo điều kiện thích hợp cho nấm tăng trưởng và gây nên hiện tượng bùn khó lắng.

Các dưỡng chất

Vi khuẩn cần đủ dưỡng chất để phát triển, nếu thiếu dinh dưỡng chất lớp màng nhày sẽ hình thành và bao quanh tế bào. Hoạt động của vi khuẩn giảm xuống vì nó không đủ enzyme và các dưỡng chất không thể khuyết tán qua lớp màng nhày để cung cấp cho vi khuẩn. Bùn sẽ không lắng được và hiệu suất BOD sẽ giảm.

Nếu thiếu N, cản trở quá trình sinh hóa và tạo bùn hoạt tính khó lắng.

Nếu thiếu Photpho: Vi khuẩn dạng sợi phát triển, bùn nổi.

Nước thải có tỉ số BOD : N : P là 100 : 5 : 1để thỏa mãn nhu cầu về dưỡng chất cho VSV. Các chất hữu cơ trong nước thải sinh hoạt nằm ở dạng hòa tan là nguồn thức ăn chủ yếu cho các VSV dị dưỡng.

Các yếu tố môi trường ảnh hưởng đến nguyên sinh động vật.

Hầu hết các nguyên sinh động vật có thể tồn tại và sinh sản trong khoảng nhiệt độ vận hành bể bùn hoạt tính. Chúng tăng trưởng tốt ở nhiệt độ  20 – 300C.  các nguyên sinh động vật nhạy cảm với pH hơn khuẩn tạo tạo bông cặn, chúng có thể chịu được pH trong khoảng 6,0 – 8,0 và pH tối ưu là 7,2 – 7,4. Các nguyên sinh động vật cũng cần DO để tồn tại do đó Do thấp sẽ làm giảm cả số lượng và loài nguyên nguyên sinh động vật trong bể.